Je ne comprends pas très bien ta question. As-tu prévu que ton fils aille désormais au collège ? S'agit-il d'un passage 6e avec le cned réglementé ? Dans ce cas, je ne connais pas très bien les épreuves qui peuvent être demandées et peut-être expliqueraient le brevet de natation. Je dis bien "peut-être", je pense que le mieux est de t'adresser au cned pour savoir si cela entre dans l'instruction qu'ils dispensent.
Sinon, les enfants ne sont pas tenus de maîtriser quoique ce soit à l'âge de tes enfants, mais comme l'indique l'article D 131-12 : http://laia.asso.free.fr/decret.html, c'est le cas à la fin de la période d'instruction obligatoire.
Dans tous les cas, je te conseille de prendre contact avec l'inspection afin de discuter de tout cela et de préciser que ton fils aîné suit les cours du cned réglementés.