Oui, la législation prévoit que tous les enfants concernés par l'obligation d'instruction soient l'objet d'une déclaration soit par l'établissement d'enseignement, soit par les parents. Dans ton cas, tu dois donc envoyer deux courriers (un au maire, un à l'inspecteur d'académie) déclarant que l'enfant est instruit en famille puisque l'établissement ne fait pas la déclaration (article L131-5 du code de l'éducation).
Ne pas déclarer peut avoir diverses conséquences, notamment une contravention et la suspension des allocations familiales car l'instruction est une obligation qui conditionne l'octroi de ces allocations.